У відповідь на пандемію коронавірусу комапанія NVIDIA пропонує озброїтися інструментами, які допоможуть зрозуміти природу COVID-19 і знайти йому ефективну протидію.
Уже зараз NVIDIA безкоштовно надає 90-денну ліцензію на Parabricks всім дослідникам нового коронавірусу. ПЗ Parabricks засноване на популярному наборі інструментів Genome Analysis і працює на базі GPU, прискорюючи аналіз даних в секвенції до 50 разів.
Для дослідників, що працюють з секвенуванням з тривалим зчитуванням Oxford Nanopore, на GitHub доступний репозитарій інструментів, прискорених на GPU. Прискорення на графічних процесорах NVIDIA також підтримують такі додатки, як Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
На даний момент дослідники секвенуют як геном коронавірусу, так і геноми людей, які захворіли на COVID-19, щоб зрозуміти, як поширюється хвороба і кого вона зачіпає в першу чергу. Однак аналіз послідовностей геномів займає багато часу і вимагає істотних обчислювальних ресурсів.
Команда Parabricks увійшла до складу NVIDIA в грудні 2019, доповнивши наявний інструментарій NVIDIA новітніми інструментами в області секвенування геному. Інструменти Parabriks допомагають, як заявляють в компанії, скоротити час визначення варіантів геному людини від днів до години всього на одному сервері.
З огляду на безпрецедентну швидкість розвитку пандемії, таке швидке отримання результатів може допомогти швидше зрозуміти еволюцію вірусу, щоб швидше створити ефективні вакцини.
На даний момент NVIDIA обговорює можливість надання обчислювальних ресурсів і доступу до Parabricks на платформах провайдерів хмарних сервісів і суперкомп’ютерних центрів.
